Віталій Шабунін мобілізувався у перші дні повномасштабного вторгнення – у лютому 2022 року. Попри це – ДБР інкримінує Шабуніну «ухилення від військової служби» та «шахрайство».  Підозра стосується періоду, коли Шабунін був офіційно відряджений до Національного агентства з питань запобігання корупції (НАЗК) за наказом командування, який він не міг не виконувати.  Сам факт виконання наказу не може бути кваліфікований як ухилення від служби — це пряме протиріччя здоровому глузду та військовому праву.  Водночас в Україні сотні військових, яких на певний час відряджають для служби у цивільних установах. У тому ж самому НАЗК у період, коли туди був відряджений Шабунін, в такому ж статусі перебувало ще кілька військових. Проте підозру від ДБР — отримав тільки Шабунін.Обвинувачення в «шахрайстві» базуються на стандартних військових виплатах, які він отримував під час законної відсутності у підрозділі — жодних «бойових» виплат чи привласнення коштів не відбувалося. Сума, якою, на думку ДБР, незаконно заволодів Шабунін, завдавши "матеріальної шкоди державному бюджету в особі військової частини" – 224 249,49 грн, з яких 183 811,06 грн – це грошове забезпечення військовослужбовця, а 40 438,43 грн – це сплачене ЄСВ. Заяви слідства про заволодіння коштами ґрунтуються на маніпулятивних трактуваннях норм, які не враховують реальної служби та наказів командування.  По суті йдеться про безпідставну кваліфікацію виплат як «шахрайства», хоча йдеться про стандартне грошове забезпечення, передбачене законом.Також ДБР збрехало у своєму пресрелізі щодо справи Шабуніна, зазначивши, що він начебто “незаконно використовував позашляховик, ввезений в Україну як гуманітарна допомога для потреб армії”.Натомість Шабунін показав сам автомобіль та документи на нього – акт передачі й техпаспорт, де зазначено, що машина передається в користування йому як конкретному військовослужбовцю для виконання бойових завдань. Донори авто (зокрема представники бізнес‑клубу CEO Club) публічно підтвердили, що купили позашляховик саме під нього як військового і передали йому законно, як службовий транспорт для фронту. За поясненнями Шабуніна, машина використовувалася для поїздок у підрозділ на схід, певний час була в Києві під час очікування нового розпорядження, а потім поїхала з ним на інше місце служби, тобто залишалася в контексті військових задач.

Справа проти Шабуніна – частина ширшої кампанії Банкової для залякування антикорупційних активістів у момент, коли влада проштовхувала підпорядкування НАБУ та САП Генпрокурору. Ось як відбувалися події:  11 липня 2025 року ДБР провело обшуки у Віталія Шабуніна та оголосило йому підозру в ухиленні від служби та шахрайстві. 22 липня 2025 року Верховна Рада проголосувала за законопроєкт №12414, який підпорядкував НАБУ і САП Генеральному прокурору та фактично знищив їхню процесуальну незалежність. Закон набув чинності 23 липня 2025 року, викликавши різку критику громадськості та міжнародних партнерів. 31 липня Верховна Рада ухвалила закон, який скасував попередні зміни та відновив інституційну й процесуальну незалежність НАБУ і САП від Генпрокурора та інших органів державної влади.

Шабунін – один із головних публічних критиків влади та українських активістів, які регулярно спілкуються з міжнародними партнерами України та ключовими медіа світу.  Він є одним із найвидиміших лідерів антикорупційного руху, який роками критикував Офіс президента, уряд, Міноборони, НАБУ, САП, тобто справу легко зчитують як помсту за системну критику, а не як нейтральне розслідування. Правозахисні та антикорупційні організації прямо говорять, що використання силовиків для переслідування такого рівня активіста створює «охолоджувальний ефект»: інші громадські діячі бачать ризик, що за публічні розслідування й кампанії проти корупції можуть отримати обшуки, підозри й зламане життя. У заявах громадських організацій підкреслено: “Це переслідування є черговим епізодом у багаторічній історії атак на Віталія Шабуніна особисто та на очолюваний ним Центр протидії корупції, які тривають починаючи з 2016 року”.

Загалом 11 липня ДБР провело обшуки, повʼязані зі справою Шабуніна, у трьох локаціях: у військовій частині Шабуніна на Харківщині за десятки кілометрів від лінії фронті, куди його перевели за день до самих обшуків у будинку родини Шабуніних у Києві, де перебувала дружина Віталія – Олена Шабуніна – та двоє його дітей, яким на той момент виповнилося 5 та 10 роківу квартирі загиблого Героя України Андрія “Джуса” у Харкові. У цій квартирі Шабунін проживав під час служби у Харкові за запрошенням матері Героя.Всі ці обшуки були проведені без ухвали суду. При цьому за законом проводити обшук без ухвали суду дозволяється у виключних випадках – коли це загрожує життю і здоровʼю людей або можуть бути знищені докази. Очевидно, що Шабунін просто фізично не міг знищити якісь “докази”, перебуваючи у новій військовій частині другий день, а проведені обшуки точно не сприяли захисту чийогось життя чи здоровʼя.

Зокрема були вилучені планшет та телефон дітей Шабуніна, а також електронний годинник самого Шабуніна. Які дані хотіли отримати правоохоронці з цих девайсів – невідомо. Це також є прямим порушенням принципу пропорційності слідчих дій.

У грудні 2025 року в кількох анонімних Telegram‑каналах зʼявилися особисті й інтимні фото Віталія Шабуніна, які раніше зберігалися на його телефоні, вилученому під час обшуків у справі ДБР. Доступ до них мали виключно прокурори та працівники ДБР. Тож у справі мав місце незаконний злив даних. Отже, Шабунін публічно звинуватив ДБР та Офіс генпрокурора в тому, що саме їхні слідчі й прокурори «злили» ці знімки в мережу як помсту за оприлюднення ЦПК матеріалу про силовиків, які підривають НАБУ і САП. ДБР і Офіс генпрокурора причетність заперечили, пообіцяли внутрішню перевірку працівників, які мали доступ до даних, але жодних результатів цієї перевірки й досі немає. Жоден правоохоронець не покараний за незаконне злиття даних.